Schon im 13. Jahrhundert stand an dieser Stelle eine Klosterkirche, die dem Orden der Templer gehörte. Im Jahr 1312 wurde der Orden aufgelöst, schon ein Jahr später wurde die damalige Klosteranlage dem Orden der Dominikanerübergeben.Der Orden ließ in den Jahren 1496 bis 1523 eine neue Klosteranlage errichten, während die Klosterkirche 1515 lediglich saniert wurde. Mit der Säkularisation wurde das Kloster 1802 aufgelöst und die Gebäude fielen an die Stadt. Im Mittelalter galt der Orden der Dominikaner auch als die „Hunde des Herrn“, denn sie verfolgten eine strenge christliche Lehre und waren eifrige Missionare und Inquisitoren. Inquisitoren waren die kirchlichen Leiter, die Andersdenkende systematisch verfolgten. Zudem waren die Dominikaner Treiber der Hexenverfolgung und verteufelten alle Andersdenkenden. Schon früh begannen sie, den Hass gegen die jüdische Stadtbevölkerung zu schüren.Nach der Klosterauflösung nutzte die bayrische Armee das Gebäude. Im Laufe der Zeit verschlechterte sich der Zustand der Kirche zunehmend. Im Zweiten Weltkrieg wurden die Klostergebäude zerstört, während die Klosterkirche diese Zeit unbeschadet überstand. Im Jahr 1966 wurde in der Kirche das römische Museum eingerichtet. Nachdem im Jahr 2012 statische Probleme im Boden des Gebäudes festgestellt wurden, musste das Gebäude geschlossen werden. Seitdem wird der Bau saniert, wobei es immer wieder zu Bauverzögerungen kommt. Bis heute ist kein Ende der Sanierungen in Sicht (Stand 12/2022).