Die Dreifaltigkeitskirche ist das letzte erhaltene Bauwerk des ehemaligen Görlitzer Franziskanerklosters. Bereits wenige Jahre nach der Stadtgründung errichtete der Orden der Franziskaner ab 1234 an dieser Stelle eine Klosteranlage. Zunächst lag das Kloster noch vor der Stadtmauer. Erst mit der Ausdehnung der Stadt und dem Bau des heutigen Obermarktes ab etwa 1250 erlangte die Klosteranlage seine heute so zentrale Lage. In den darauffolgenden Jahrhunderten wurde die Klosteranlage mehrfach erweitert.Das Franziskanerkloster war nicht nur eine typische Klosteranlage, sondern verfügte auch über ein angeschlossenes Spital. Hier kümmerten sich die Mönche um die arme, schwache und kranke Bevölkerung. Zu dieser Zeit gab es noch kein Gesundheitswesen, wie wir es kennen. Stattdessen übernahmen die Klosteranlagen meist diese Aufgabe und kümmerten sich um die Kranken. Damals konnte man viele Erkrankungen nicht oder nicht vollständig heilen. Die Menschen litten teils unter dauerhaften Beeinträchtigungen oder schweren Folgeschäden. Außerdem wuchs zu dieser Zeit die Stadtbevölkerung stark an. Besonders, kranke, arme oder schwache Menschen aus dem Umland hofften in der Stadt auf bessere Lebensbedingungen.Im Zuge der Reformation wurde das Kloster geschlossen. 1555/1563 schenkte der letzte Mönch die Anlage der Stadt. Die einzige Bedingung war, hier eine Schule zu eröffnen. Ab 1566 wurde die Kirche als evangelisches Gotteshaus genutzt, in den Klosteranlagen wurde eine Schule eröffnet. Schon bald gehörte die Schule zu den besten Sachsens und hatte einen ganz hervorragenden Ruf. Seit dieser Zeit hat sich die Kirche kaum mehr verändert, 1607 wurde der heutige Kirchturm errichtet. Die Klosterkirchen der Franziskaner haben keine Kirchtürme – die Gemeinde wünschte sich nach der Reformation jedoch genau so einen. Um 1853/1855 wurden die übrigen Klosteranlagen abgerissen und der heutige Schulbau hinter der Kirche im Stil der Neogotik erbaut.