Die Krypta ist der älteste Teil der Kathedrale und stammt aus der Zeit um 850-900. In der Krypta stehen die bekannten Konstanzer Goldscheiben unbekannten Alters. Zudem steht in der Krypta ein steinerner Sarkophag mit den Reliquien des Heiligen Pelagius, dem Schutzpatron der Stadt.