Die Marienkirche zählt zu den eindrucksvollsten Bauwerken Ostfrieslands und blickt auf eine bewegte Geschichte zurück. Errichtet wurde sie im 13. Jahrhundert als frühgotische Kreuzbasilika mit drei Schiffen. Mit einer Länge von fast 80 Metern und einem mächtigen Turm war sie zu jener Zeit die größte Kirche zwischen Groningen und Bremen und stand in ihrer Größe bedeutenden Kathedralen wie dem Dom in Osnabrück kaum nach. Der Turm hatte nicht nur kirchliche, sondern auch praktische Bedeutung: Durch unterschiedlich gedeckte Dachflächen – Kupfer im Norden, Schiefer im Süden – diente er Seefahrern als weithin sichtbares Seezeichen.Mit der Reformation im 16. Jahrhundert verlor die Kirche ihre besondere Stellung. In den darauffolgenden Jahrhunderten verfiel das Bauwerk zunehmend. Anfang des 19. Jahrhunderts war der Zustand so schlecht, dass 1829 / 1831 große Teile abgerissen werden mussten. Damit verlor Marienhafe und ganz Ostfriesland eines seiner bedeutendsten Bauwerke. Vom einst monumentalen Bau blieben lediglich das verkürzte Langhaus und der eingekürzte Turm erhalten. Um 1400 soll der bekannte Seeräuber Klaus Störtebeker in der Kirche Zuflucht gefunden haben (vgl. Station 1). Bis heute wird der Turm als „Störtebekerturm“ bezeichnet, im zweiten Geschoss liegt die „Störtebekerkammer“. Seit 1932 gibt es in dieser ein kleines Museum, wo man Sandsteinfiguren aus der ursprünglichen Kirche (aus der Zeit vor dem Umbau) sehen kann.
Einige der zugemauerten Arkaden, die zu Fenstern umgestaltet wurden, sind die stummen Zeugen von den ursprünglichen Dimensionen.