Eine jüdische Gemeinde gibt es heute in Mühlhausen nicht mehr. Jahrhundertelang prägte jüdisches Leben die Stadt, auch wenn die Gemeinde nie so groß war, wie in anderen deutschen Städten im Mittelalter. Schon im 13. Jahrhundert gab es eine kleine Gemeinde in der Stadt. Im Jahr 1349 wurde diese im Zuge der Pestpogrome schwer getroffen. Dennoch erholte sich die Gemeinde rasch und errichtete um 1380 eine erste Synagoge. Danach nahm die Feindseligkeit der christlichen Bürger in der Stadt deutlich zu, sodass immer mehr jüdische Bürger die Stadt verließen. Schlussendlich wurde im Jahr 1561 alles jüdische Leben in Mühlhausen verboten und alle Bürger des jüdischen Glaubens verbannt.Es ist ein Beispiel dafür, wie tief der Antisemitismus in der deutschen Geschichte verankert ist. Immer wieder wurden unschuldige jüdische Mitbürger diskriminiert und für die vielen Probleme der mittelalter-lichen Gesellschaft verantwortlich gemacht. Sie waren ein beliebter Sündenbock. Zwar waren sie meist besser gebildet als die übrige Bevölkerung und damit erfolgreicher, jedoch immer in der Minderheit.Erst Mitte des 18. Jahrhundert kamen einige jüdische Bürger wieder nach Mühlhausen. Im Jahr 1839 wurde die bis heute erhaltene Synagoge geweiht. Während der November-pogrome im Jahr 1938 wurde die Synagoge zwar verwüstet und die Einrichtung völlig zerstört, jedoch der Synagogenbau nicht niedergebrannt. Nach dem Ende des Zweiten Weltkrieges wurde die Synagoge der jüdischen Thüringischen Landesgemeinde übergeben und konnte so erhalten bleiben. Nach einer umfassenden Sanierung wurde die Synagoge 1998 wieder geweiht und ist neben der Erfurter Synagoge die zweite in Thüringen. Heute gibt es in Mühlhausen zwar keine Gemeinde mehr, die Synagoge dient jedoch als kulturelles Begegnungszentrum.