Die Kirchengeschichte von Mühlhausen ist relativ komplex und bis heute wird an den genauen Entwicklungen der vielen Kirchen der Stadt geforscht. Wann es in Mühlhausen eine erste Kirche oder Kapelle gab, ist nicht mehr zu rekonstruieren. Schon bald nach der Stadtwerdung entwickelte sich Mühlhausen zu einem der bedeutendsten kirchlichen Zentren Thüringens. Bereits im Mittelalter gab es elf Kirchen in der Stadt, die neben den Stadtmauertürmen die Stadtsilhouette maßgeblich prägten.Während der Regierungszeit von Friedrich II. (*1194, †1250) kamen fast alle der Kirchen in den Besitz des Deutschen Ordens. Der Orden errichtete in der Stadt gleich zwei Kommenden (Niederlassungen), eine in der Oberstadt und eine in der Unterstadt. Die Gründe hierfür liegen bis heute im Dunkeln – inzwischen haben mehrere Untersuchungen ergeben, dass sie wahrscheinlich keine konkurrierenden Kommenden waren. Dadurch wurde Mühlhausen zu einer der bedeutendsten Städte des Deutschen Ordens und prägte die Thüringer Ballei (Verwaltungsbezirk / Ordensprovinz des Deutschen Ordens). Die Marienkirche (Station 2) bildete das Zentrum der Kommende Oberstadt/Neustadt und die Divi-Blasii-Kirche (Station 13) das Zentrum der Kommende der Unterstadt.Neben diesen Hauptkirchen des Deutschen Ordens gab es noch die vielen anderen, bürgerlichen Kirchen der Stadt, die ab dem späten 12. Jahrhundert auch im Besitz des Deutschen Ordens waren. So auch die St.-Petri-Kirche (auch als Petrikirche bezeichnet). Ihre Anfänge gehen auf die Zeit um 1250 zurück. Sie wurde wahrscheinlich als Dankeskapelle für den Sieg der Bürger von Mühlhausen über die Grafen von Regenstein und Hohenstein direkt vor der Stadtmauer errichtet. Dieser Sieg und das Zerstören der kaiserlichen Pfalz im Jahr 1256 stärkte die Position der Bürger in Mühlhausen massiv und führte zu einem enormen wirtschaftlichen Wachstum in den darauffolgenden Jahrhunderten. Mitte des 14. Jahrhunderts wurde rund um die damals hier stehende Kapelle der Pestfriedhof Mühlhausens angelegt, der jedoch nur wenige Jahre genutzt wurde (1348-1350). Kurze Zeit später, zwischen 1352 und 1356 wurde die Kapelle vom den Deutschen Orden umgebaut oder abgerissen und die heutige Kirche entstand. Ihr heutiges Aussehen erhielt die Kirche jedoch erst während der Reformation, als an der Westseite der zweigeschossige Anbau entstand.Der Taufstein der Kirche stammt aus der Zeit der Errichtung durch den Deutschen Orden und ist der älteste erhaltene Taufstein in Mühlhausen.
St.-Petri-Kirche
geistliche Stiftungen, Ordens- und KlosterhöfePlan in Anlehnung an: Günther und Korf 1986