Der Hafen war seit der Gründung für Flensburg von größter wirtschaftlicher Bedeutung. Schon vor der Stadtgründung gab es an den Ufern der Förde in den einzelnen Gründungszellen Flensburgs kleine Häfen für Handels- und Fischerboote. Um 1100 lag der Hafen noch deutlich weiter südlich im Bereich der St. Johanniskirche. Weiter nach Süden schlossen sich der Mühlenteich und ein kleines Flusssystem an – sowohl das Flusssystem als auch fast der ganze Mühlenteich sind inzwischen aus dem Stadtbild verschwunden.Besonders nach dem Ende des Dreißigjährigen Krieges blühte die Wirtschaft auf. Damals entstanden die Verbindungen zu den dänischen Überseegebieten und Kolonien - Flensburg wurde als Rumstadt reich. Zusätzlich gingen viele Fischer von Flensburg aus auf Walfang vor Grönland. Besonders der Wal-Tranwar beliebt, womit dann Lampen betrieben wurden.Noch heute ist der Hafen von Flensburg bedeutend, die heutigen Hafenanlagen haben sich jedoch weiter nach Norden verlagert. Im ursprünglichen Hafenbereich ist heute ein Museumshafen und eine Museumswerft angesiedelt. Hier werden mit alten Schiffsbautechniken und historischen Plänen Schiffe rekonstruiert. Eine Besonderheit ist die Rekonstruktion aus 2001 eines Hafenkrans aus dem Jahr 1726. Er wurde zum Riggen (Mast setzen) und Kielholen genutzt und war damit kein richtiger Hafenkran.
Rekonstruktion des Hafenskrans
vereinfachter Stadtplan Flensburgs um 1550 mit Grundstücken , Bebauung , Kirchen / Kloster/ Burg , Rathaus , Stadtmauer , Palisaden und Wallanlagen .Grafik in Anlehnung an: Gesellschaft für Flensburger Stadtgeschichte 1966