Seit der Bronzezeit (1100-600 v. Chr.) ist die nordbremische Geest und die sich südlich anschließende Bremer Düne besiedelt. Es war eine günstige Siedlungslage: nahe der Weser und dennoch vor Hochwasser gut geschützt. Mit der Gründung des Bremer Bistums im Mittelalter kam der Bereich von Bremen-Nord in den kommenden Jahrhunderten immer mehr unter den Einfluss des Bremer Bischofs und den Bremer Kaufleuten. Entlang der gesamten Unterweser entstanden Burgen, um die Handelsschiffe auf der Weser vor Überfällen zu schützen. Aus dieser Zeit stammen die Burgen im Bereich des heutigen Bremer Nordens, beispielsweise in Schönebeck und Blumenthal.Die genaue Gründungsgeschichte Vegesacks, sowie die Namensherkunft ist bis heute nicht abschließend geklärt. Im Bereich von Vegesack mündet die Schönebecker Aue in die Weser, sodass es hier vielleicht schon im Hochmittelalter einen namenlosen Hafen gab – manche Quellen weisen darauf hin. Bedeutend waren Hafen und Siedlung jedoch nicht, auch wenn 1475 eine erste Schankwirtschaft in den historischen Quellen immer wieder auftaucht.Bis ins 16. Jahrhundert bestand das kleine Dorf Vegesack aus wenigen Meierhöfenentlang der Mündung der Schönebecker Aue und dem Fluss Lesum. Ab dem frühen 16. Jahrhundert gab es wahrscheinlich im Mündungsbereich des Flusses einen kleinen Fischereihafen.Erst mit dem Entschluss der Stadt Bremen um das Jahr 1600, hier einen großen Hafen anzulegen, beginnt die eigentliche Geschichte Vegesacks. Damals wurden die Handelsschiffe immer größer. Weil die Weser zwischen dem späteren Vegesack und der heutigen Innenstadt von Bremen versandete, musste eine Lösung her. Also plante man flussabwärts einen neuen Hafen. Dabei fiel die Entscheidung auf den Bereich des späteren Vegesacks, weil hier die Schönebecker Aue und die Lesum in die Weser mündeten, sodass hier deutlich weniger Sandbänke in der Weser vorkamen. Bis 1622/1623 wurde ein Hafenbecken ausgehoben und eine kleine Siedlung planmäßig angelegt.Das Havenhaus ist das älteste erhaltene Gebäude Vegesacks. Es wurde 1648 fertiggestellt und gilt als erstes Steinhaus Vegesacks. Bereits mit der Hafengründung stand an dieser Stelle ein Gebäude. Im Havenhaus lebte und arbeitete der Hafenmeister, der von hier den Hafen überwachte und verwaltete. Sein heutiges Aussehen erhielt das Havenhaus um 1781, als der Seitenflügel angebaut wurde.Vor dem Hafenhaus steht der Vegesacker Walkiefer. Das Denkmal wurde 1987 errichtet, nachdem der vorher hier stehende, original Blauwal-Kiefer verwittert war. Das Denkmal erinnert an die Zeiten, als Vegesack ein wichtiger Hafen für Walfänger war. Besonders im 17. und 18. Jahrhundert gingen viele Fischer von Vegesack aus auf Walfang vor Grönland. Besonders der Wal-Tran war beliebt, womit dann Lampen betrieben wurden. Mit der Entdeckung des Petroleums kam auch in Vegesack der Walfang zum Erliegen.