Glaubensflüchtlinge sorgten für einen wirtschaftlichen AufschwungWenige Jahre vor dem Coetus, ab etwa 1540, kam es durch den Beginn des niederländischen Unabhängigkeitskrieges zu einer massiven Zunahme an niederländischen Glaubensflücht-lingen in Emden. Damals strömten tausende calvinistische (protestantische) Händler und Handwerker nach Emden und führten nicht nur zu einem explosionsartigen Anstieg der Bevölkerungszahlen, sondern es kam auch zu einem enormen wirtschaftlichen Aufschwung in der Hafenstadt.Für etwa 80 Jahre war Emden nun einer der größten Häfen Europas mit einer pulsierenden Wirtschaft. Durch die vielen neuen Bürger wurde Groß- und Klein-Faldern besiedelt und die dörflichen Strukturen städtisch. Außerdem wurden nun die calvinistischen Strömungen in der Stadt deutlich gestärkt. Die Calvinisten waren nun in der deutlichen Mehrheit. Der damalige Graf Emdens, Johann II. (*1538, †1591), unterstützte die calvinistischen Strömungen der Stadt.Mit dem Tod Johann II. (*1538, †1591) wurde Edzard II. (*1532, †1599) Alleinherrscher. Er war mit Katharina Wasa (*1539, †1610) aus dem schwedischen Königshaus verheiratet und damit Anhänger der lutherischen Lehre. In Folge dessen kam es nun im westlichen Ostfriesland und vor allem in Emden zu großen Verwerfungen mit den calvinistischen Protestanten. Edzard II. erhöhte in Emden die Steuern, erließ Gesetze und setzte einen neuen Stadtrat ein. Emder RevolutionIn Folge dessen kam es 1595 zur Emder Revolution, wodurch die gräfliche Burg eingenommen wurde und der Graf nach Aurich flüchtete. Dadurch befreite sich Emden von den Grafen von Ostfriesland und war nun de facto eine Reichsstadt, auch wenn Emden diesen Titel offiziell nie erhielt. Die Bürgerschaft nannte sich nun Respublica Emdana und führte die Abkürzung S. P. Q. E. offiziell ein – in Anlehnung an das römische Vorbild. Durch die Emder Revolution hatte die Stadt nun viele Freiheiten, war jedoch enorm auf die calvinistische Religion fokussiert und damit abhängig von den Niederlanden. Die Toleranz in Glaubensfragen schwand, wodurch ein wirtschaftlich lang andauernder Niedergang von etwa 200 Jahren einsetzte, unter anderem auch durch den wenig später einsetzenden Dreißigjährigen Krieg.